Obsidian from Milos was a commodity as early as 15,000 years ago. The position of Milos, between mainland Greece and Crete, and its possession of obsidian, made it an important centre of early Aegean civilization. Milos lost its arms-making importance when bronze became the preferred material for the manufacture of weapons.
In historical times, the island was occupied by Dorians from Laconia. In the 6th century BC, it again produced a remarkable series of vases, of large size, with mythological subjects and orientalizing ornamentation, and also a series of terra-cotta reliefs.
Κατά τη δεύτερη φάση του Πελοποννησιακού Πολέμου, το 416 π.Χ., η Αθήνα επιτέθηκε εκ νέου στους στρατιώτες 0 με στρατιώτες της Μήλου,3. και αρνούμενος να συμμετάσχει στη συμμαχία της Αθήνας κατά της Σπάρτης. Οι Αθηναίοι εκτέλεσαν όλους τους ενήλικες άνδρες που έπιασαν και πούλησαν τις γυναίκες και τα παιδιά σε σκλάβους.
Αργότερα, η Μήλος ακολούθησε τη μοίρα των άλλων Κυκλάδων, υποταγμένη στους Μακεδόνες, τους Ρωμαίους και στη συνέχεια τους Βυζαντινούς. Στα παλαιοχριστιανικά χρόνια υπήρχαν στη Μήλο αρκετοί Εβραίοι κάτοικοι και ως εκ τούτου ο Χριστιανισμός διαδόθηκε αρκετά γρήγορα. Κατά τη Φραγκοκρατία, ο Μάρκος Σανούδο κατέλαβε τη Μήλο και το 1207 ενώθηκε με το δουκάτο της Νάξου. Το 1537, ο Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα, ένας από τους μεγαλύτερους πειρατές όλων των εποχών, ως επικεφαλής του τουρκικού στόλου, λεηλάτησε και κατέστρεψε τα περισσότερα νησιά του Αιγαίου, αλλά η Μήλος γλίτωσε από την καταστροφική μανία του. Από το 1566 η Μήλος πέρασε από τους Ενετούς στους Τούρκους. Καθ' όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας ήταν ορμητήριο πειρατών.
Since 1830, according to the London Protocol, Milos, as all Cyclades islands, were included in the newly established Greek state.
On May 9, 1941, the German occupation was imposed on the island, by way of exception, in relation to the other islands of the Cyclades, which joined the Italian occupation zone.
